La historia de este magnánimo centro educativo comienza en el año 1961.La población estudiantil se había incrementado y no había un colegio de secundaria en la localidad, entonces el Prof. Simón Murillo solicita a las autoridades departamentales la creación de un colegio de secundaria. Esta llega el 31 de marzo del 1962 y así nace a la luz este prestigioso centro.
El profesor Ernesto Guiteras Zeballos fue nombrado director encargado y le acompaña un prestigioso profesorado. Gracias a las aportaciones de los ganaderos, autoridades y padres de familia nuestro centro fue creciendo.
En el año 1971, los padres de familia y las autoridades religiosas y civiles deciden que la enseñanza y administración del colegio SAN FRANCISCO DE BORJA “B” pase a depender del Movimiento de educación popular FE Y ALEGRIA y es nombrado como director el P. Rogelio Hunckler, sacerdote redentorista y párroco de nuestra localidad. Este mismo año egresan 10 flamantes bachilleres y así hasta el día de hoy que lo hacen más de 80 cada año.
Durante la gestión del Prof. Gastón Álvarez, 1974 se le encomienda la tarea de escribir el Himno al colegio al profesor Edgar Arias Guardia.
En el 1982-83 el Comité Cívico presidido por la Lic. Zulma Majluf Jaime, CORDEBENI filial en San Borja, padres de familia y pueblo en general cooperan en la construcción de las aulas.
En 1997 llegaron los H.H. Menesianos, congregación religiosa fundada por Juan María de la Mennais (1780-1860) para educar integralmente y con calidad en especial a los más pobres y necesitados, decía :”Mis escuelas han sido fundadas para conocer y amar a Jesucristo”.
Los primeros Hnos que llegaron a San Borja fueron Dámaso Cereceda (+ 2020), Abundio Martín y Francisco Javier Julián. Fueron acogidos por la parroquia, especialmente por el P. Cristhian Fresard e impartían clases de distintas materias en las dos unidades educativas (primarias y secundarias).
En el año 1998 asume la dirección del Colegio San Francisco, nivel secundaria el Hno. Francisco Javier Julián y también es nombrado Coordinador de los cuatro centros de Fe y Alegría en San Borja (San Fco. Sec, San Fco. Primario, German Busch y 18 de noviembre) y Yucumo (U.E. Monseñor Roger Aubry).
Años más tarde, 2002 asume la dirección del centro y la coordinación de Fe y Alegría el Hno. Juan Cruz, que lo ejerce hasta el año 2009. Durante estos años se han realizado importantes obras y mejoras en cuanto a infraestructuras y capacitación de profesores, implementación de salas de video, taller de computación, sala de lectura, depósito y sala de profesores y nuevas aulas.
Actualmente (Gestión 2022) contamos con más de 412 alumnos/as, 10 aulas de 1º a 6° de secundaria y 29 profesoras/es y personal administrativo. Desde la gestión 2010 la dirección del centro educativo está asumida por el Hno. Jesús Peña Sáiz con el reto de guiar al centro por un sistema de calidad, una formación permanente del profesorado y una mayor participación en la vida de la comunidad.
